|
Том 44(2010) №5 стр. 773-785; Е.Д. Свердлов1, 2, Т.В. Виноградова2* Эволюция взглядов на молекулярные механизмы жизнедеятельности в свете полногеномной информации на примере представлений о кор-промоторах 1Институт молекулярной генетики Российской академии наук, Москва, 1231822Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук, Москва, 117997 *tv@ibch.ru Поступила - 2010-03-29; Принята к публикации - 2010-04-16 Информация о структурах множества полных геномов, в сочетании с информацией о новых классах регуляторных элементов, расположенных в областях, которые традиционно рассматривались как межгенные, привело к пересмотру представления о геноме как состоящем из генов с их промоторами, разделенными отчетливыми межгенными участками. Вместо этого появилось понятие «транскрипционный ландшафт», в котором практически отсутствуют границы между тем, что традиционно рассматривалось как гены. Вслед за этим также категорически изменилось представление о центральном элементе транскрипций системы - цис-расположенном кор(corе)-промоторе. Понимание механизмов функционирования этого элемента служит основой для понимания регуляции транскрипции вообще. В обзоре делается попытка обобщить данные о кор-промоторах, которые появились за последние 7-10 лет, и проследить эволюцию представлений о них. В конечном счете, возникло понимание того, что кор-регуляторные элементы являются не пассивными каркасами для сборки преинициационных транскрипционных комплексов, а активными участниками процесса регуляции транскрипции. кор-промотор, транскрипция эукариот, регуляция транскрипции, геном, структура, эволюция Vol 44(2010) N 5 p. 682-692; E.D. Sverdlov1, 2, Т.М. Vinogradova2* Core Promoters As an Example of the Effect of Whole-Genome Information on the Evolution of Views on Molecular Mechanisms of Vital Activity 1Institute of Molecular Genetics, Russian Academy of Sciences, Moscow, 123182 Russia2Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences, Moscow, 117997 Russia *tv@ibch.ru Received - 2010-03-29; Accepted - 2010-04-16 Complete DNA sequences of many animal genomes combined with the information on new classes of regulatory elements within the regions conventionally viewed as intergenic led to a revision of the concept of the genome as a linear arrangement of genes with their promoters and distinct intergenic regions. Instead, there emerged a concept of the so-called transcriptional landscape with almost no boundaries between what was commonly considered to be genes. The concept of the core promoter as the main cis-acting transcriptional element also changed dramatically. Knowledge of the mechanisms sustaining the function of this central element of the cell transcription system underlies the understanding of metazoan transcription in general. The review attempts to summarize the data obtained for core promoters in the past decade and to trace the evolution of the core promoter concept. This evolution led finally to the understanding that core promoters play an active role in transcription regulation rather than just provide a passive scaffold for assembling preinitiation transcription complexes. core promoter, eukaryotic transcription, transcription regulation, genome, structure, evolution |